Denkbar wäre hier zusätzlich zu den erwähnten Optionen auch ein Schreibschutz auf der Datei (bzw. eventuell dem Verzeichnis) wo die neue Positions-Einstellung eigentlich gespeichert werden würde. Dann wäre WoW tatsächlich nicht dazu in der Lage die Änderung permanent zu übernehmen, und sie wäre in Folge bei jedem neuen Spielstart dann nicht mehr existent.
Dies zu lösen wäre glücklicherweise relativ einfach: bitte einen Rechtsklick auf den Ordner in dem WoW installiert ist, Einstellungen auswählen, und wenn das Häkchen für den Modus gesetzt ist das entfernen (und bitte auch für alle Dateien/Unterverzeichnisse übernehmen).
Wenn das alles nicht hilft, es gäbe notfalls auch noch einen Skriptbefehl der hier nützlich sein kann:
/console synchronizeSettings 1
Diesen bitte mit dem betroffenen Charakter einzugeben nachdem alle gewünschten Einstellungen gemacht wurden, und danach regulär aus dem Spiel ausloggen (also nicht z.B. via ALT-F4 raus). 