Не знаю баг это или фича, но попробовал дважды и оба раза лаунчер без каких либо уведомлений сносил оба клиента WoW (ретайл и классик) при удалении хса вместе со всем их содержимым, включая аддоны. Сам хс при этом тоже удаляется.
Windows 10, удалял стандартно через приложения>удалить.
Ну, раз вы тут пишите, то игры явно в разные папки ставили, а вот в реестре никаких пересечений не было?