Das selbe Problem hatte ich vor 2 Tagen mit meiner Schamanin auf Level 120. Legion habe ich mit dieser nicht gequestet (Szenario übersprungen) - bin direkt in Dalaran gelandet und den Ruhestein abgeholt.
Als ich dann die Quest für das Schiff hatte, konnte ich diese abgeben und bevor ich die nächste Quest annehmen konnte, verschwand das Schiff. Relogg half nicht. Im Hafen fand ich dann den NPC der einem die Startquest für Legion gibt. Dort konnte ich das Szenario erneut überspringen und war wieder in Dalaran. Durch das Portal nach Sturmwind und das Schiff war wieder da. Schaffte es gerade so die neue Quest anzunehmen und den Dialog auszuwählen als das Schiff wieder verschwand.