Да, можно кататься по серверам и менять фракцию. Сама меняла фракцию 2 месяца назад последний раз.
Насчёт порталов на 100% не могу подтвердить, ибо у меня такого нет и быть не может) Но! На персе при смене фракции ничего не пропадает, конвертируется строго фракционное из О в А или наоборот. В общем, не должны никуда порталы деться, т.к. ачивки не пропадают.
Пример: у меня пройдена бфа за орду, меняю фракцию, ачивки за сюжетку бфа конвертируются (хотя кв не деланы за А и могу их выполнять), военную кампанию делаю заново уже за А, т.к. кв имеют строгую фракционную привязку. Меняю потом фракцию на О - ничего заново проходить не надо, всё осталось, как и было до смены фракции.
Ачив за ключи и сами порталы не имеют фракционной привязки, значит и никуда не денутся.