Hola buenas. Como ya he dicho no me deja aplicar ciertos ajustes. Uno de ellos la opción de poder ver los fps y el ping, al estar acostumbrado a verlos es muy molesto jugar sin ellos. Cualquier idea de poder solucionarlo me ayudaría un montón, gracias.
Tienes activada la opción para que se muestren? A mi me paso una vez y estuve una hora rallado hasta que me di cuenta 
En Overwatch existen 2 tipos de configuraciones.
El primer grupo son las configuraciones de personalizacion, como atajos de teclado modificados, miras cambiadas, sensibilidad, etc…
El segundo grupo son las configuraciones referentes al ordenador, como dispositivos de audio o configuraciones graficas.
El primer grupo se guarda en los servidores de Overwatch, el segundo grupo se guarda en tu pc, en el archivo Documents\Overwatch\Settings\Settings_v0.ini.
Opciones como ver los fps y el ping son del grupo 2. Si estas configuraciones no se te guardan, puede ser porque por algun motivo Overwatch no puede modificar el archivo (falta de permisos, archivo corrupto, etc).
Mi consejo es que borres el archivo e inicies el juego, perderas toda la configuracion grafica, pero probablemente solucionaras el error.
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Ve a la ruta Documents\Overwatch\Settings\Settings_v0.iniy sustituye todo lo que pone por esto (es mi configuración, puedes cambiar algunas cosas si lo prefieres):
[Cinematics.1]
ShowIntro = "0"
[GPU.6]
GPUDeviceID = "6918"
GPUName = "NVIDIA GeForce GTX 1080 Ti"
GPUScaler = "2.000000"
GPUVenderID = "4318"
[MovieExport.1]
BitRate = "100"
FPS = "60"
Height = "1080"
SuperSample = "3"
[network.2]
NetClientLimit = "0"
NetServerLimit = "0"
ShowNetQualityIcons = "0"
[Render.13]
AADetail = "4"
AnisotropicFiltering = "1"
ColorblindStrength = "0.000000"
DirectionalShadowDetail = "4"
EffectsQuality = "4"
FullScreenHeight = "1080"
FullScreenRefresh = "120"
FullScreenWidth = "1920"
FullscreenWindow = "1"
FullscreenWindowEnabled = "1"
GFXPresetLevel = "5"
HorizontalFOV = "80.000000"
LightQuality = "3"
LimitToRefresh = "1"
LocalFogDetail = "4"
LocalReflections = "1"
MaxAnisotropy = "16"
MaxEffectsAnisotropy = "8"
MaxExtraQualityAnisotropy = "16"
ModelQuality = "4"
RefractionDetail = "2"
RenderBrightness = "-0.001961"
RenderContrast = "0.997648"
RenderGamma = "2.217365"
RenderScale = "0"
ShaderQuality = "3"
ShowFPSCounter = "1"
ShowGPUTemp = "1"
ShowIND = "1"
ShowRTT = "1"
ShowSystemClock = "1"
ShowVRAMUsage = "1"
SimpleDirectionalShadows = "0"
SSAOEnabled = "1"
SSLRDetailLevel = "3"
SSQuality = "0"
TextureDetail = "3"
TripleBufferingEnabled = "1"
UseGPUScale = "0"
VerticalSyncEnabled = "1"
WindowedFullscreen = "0"
WindowedHeight = "1080"
WindowedPosX = "0"
WindowedPosY = "0"
WindowedWidth = "1920"
WindowMode = "0"
[Sound.3]
MasterVolume = "100.000000"
[TankMenuItems.1]
FPSOverlay = "0"